El parque fue creado con el propósito de asegurar y mantener especies con reproducción crítica.  Otro propósito igualmente importante es el de asegurar el desove de muchas especies marinas.

Como todo Parque Nacional un objetivo principal de su creación es preservar la productividad de las comunidades biológicas que habitan la zona costera. Esta protección cubre varios ambientes como son playas arenosas, pedregosas, acantilados, islas, arrecifes rocosos y orgánicos y el tómbolo de Punta Uvita, la cual es una formación por la deposición de arenas terrígenas y biógenas sobre la cresta de rocas que unen la cabeza del Tómbolo con la costa.

El Parque Nacional Marino Ballena está enmarcado dentro de una región de gran belleza paisajística, por lo que además del valor científico, tiene gran valor para la educación ambiental y el desarrollo turístico.